在临床上，甲胎蛋白常常作为一种肿瘤标志物诊断指标之一，甲胎蛋白高的患者存在患有肝癌的几率。当甲胎蛋白大于200ng/ml并且持续两个月的时间以及甲胎蛋白大于400ng/ml，有很大的几率是患有肝癌，出现这两种情况的时候需要结合一些影像检查，如CT、MR、B超等才能确诊是否患有肝癌。
因为有部分的病人甲胎蛋白是高，但却不是患上肝癌。因为受到慢性的活动性肝炎、肝硬化或者孕程也会导致甲胎蛋白的值偏高，肝炎、肝硬化、怀孕妇女、性腺肿瘤患者的甲胎蛋白值都会有所偏高。在体检时出现甲胎蛋白的值大于正常值的情况，还需要结合患者的肝功能，比如谷丙转氨酶有没有高，如果谷丙转氨酶已经好转，但甲胎蛋白一直还是没下降或者持续的升高，这种情况也高度怀疑有没有原发性的肝癌，再结合其它相关的检查来评估。
如果是确诊为原发性肝癌患者，甲胎蛋白多数大于500ng/ml。在肿瘤早期一般建议行手术治疗，将肿瘤完整切除，如已经发生淋巴转移或者远处转移则需要辅助化疗。常用的化疗药物有奥沙利铂、顺铂、5~Fu、吉西他滨、阿霉素等。如果是中晚期的肝癌，可行介入治疗进行控制肿瘤进展。患者如果还合并有肝功能异常，黄疸等，需要进行护肝治疗和退黄治疗。
日常饮食以清淡易消化为主，要控制热量、脂、碳水化合物摄入，减轻肝脏负担。可以适当的摄入高蛋白、维生素、低脂的饮食；避免吃辛辣、油炸、浓茶等食物；如果有腹水、水肿的患者，还要控制食盐的摄入。另外，患者要遵医嘱服用药物，避免滥用药物，以免损伤肝功能。平时要注意休息，避免过度劳累，学会劳逸结合，定期回医院复诊。