一、结肠镜检查的绝对禁忌症
严重的心肺功能不全者，腹主动脉瘤，急性腹膜炎患者等禁止使用。
二、结肠镜检查的相对禁忌症
1、妊娠，腹腔粘连及各种原因引起的肠管狭窄，慢性盆腔炎，肝硬化腹水，肠系膜炎症，肠道异常增生和晚期癌症伴有广泛的腹腔内转移等，必要时由经验丰富的外科医生认真进行。
做结肠镜检查的禁忌
2、严重的溃疡性结肠炎，多发性结肠憩室患者应见肠腔进入镜内，不能用滑动推进结肠镜检查。
3、做过腹腔，特别是盆腔手术，有腹膜炎并有腹部放疗史，进入时应缓慢，以防止肠壁撕裂和穿孔。
4、体弱，老年人，以及严重的心脑血管疾病，检查时一定要谨慎。
5、肛门，直肠有严重的化脓性炎症或疼痛性病变，检查不能耐受，检查时一定要谨慎。
6、儿童和精神疾病或不能配合检查不应进行，必要时，在全身麻醉的条件下进行。
7、女性在月经期一般不适合检查。