珍珠奶茶中的“珍珠”，事实上是淀粉。它是以木薯淀粉为主要原料制作的，制作时通常添加少量小麦蛋白和一些食品添加剂，以获得良好的味道。人体食用后，在体内的木薯淀粉和小麦淀粉分解代谢为糊天麻素片葡萄糖，再被身体消化吸收。除了一些对小麦过敏的人外，这些淀粉基本不会引起胃肠疾病。
当然，如果一些珍珠奶茶使用强粘稠的糯米、葛粉等黏性较强的淀粉，食用后虽然比较难以消化。但由于食用总量不大，不会造成肠梗阻。所以，珍珠奶茶中的“珍珠”是不会对胃造成伤害的。另外，“珍珠”还含有某些食品添加剂，主要包含甜味剂、凝固剂、稳定剂、增稠剂、氯化镁等，这些都是常用的食品添加剂，正常食用不会伤害到人体。
并且，人体对淀粉类食物在消化时会产生糊精，糊精是不会对人体造成伤害。食用淀粉后在人体水解为数个至数十个葡萄糖组成的的寡糖和聚糖的混合物，混合物中含有麦芽糖糊精、环糊精等。
珍珠奶茶中的珍珠，如果使用糯米和其他原料，则难以消化。要想有良好的口感和耐嚼，可使用一些乳清蛋白。因为小麦蛋白具有良好的保湿性能和结构性能，可以更好地与淀粉结合，使“珍珠”更强，更美味。小麦蛋白质是一种蛋白质，除了一些对谷物过敏的人，小麦蛋白质不会对人体造成任何伤害。
但值得注意的是，胃肠功能较差的人群、幼儿或老人，饮用大量珍珠奶茶仍是危险的。如果一次性食用大量的珍珠奶茶，会加重胃的负担。所以，食用时应该慢慢吃，特别是珍珠粉的食物。
若是一次性喝太多的珍珠奶茶，之后暴饮暴食。这会导致喝进胃里的“珍珠”黏性增大，含胶质不容易消化，逐渐聚成团形成“胃石”，坚硬的胃石把胃“弄破”形成一个大溃疡。所以，要慢慢喝，不能喝多。偶尔喝一杯珍珠奶不会对身体造成很大伤害，但需要提醒两岁以下的孩子，少喝珍珠奶茶。此外，糖尿病患者、心脏病患者、失眠患者以及孕妇等人群，不宜饮用。