核酸是人体遗传重要组成部分，所有的细胞、病毒、细菌的遗传都要通过核酸搭载。艾滋病核酸检测有HIV~1DNA与HIV~1RNA两种检测方法，可以直接检测病毒的RNA或DNA结构；每种核酸有不同的特定核酸顺序，通过判断病毒核酸的种类来判断病原体。核酸检验相较于原始的P24抗原检测法来说更加灵敏，能更早发现并缩短病毒的检测窗口期，使患者更早地治疗。
艾滋病核酸检验的诊断：
1、在母婴感染中婴儿患者的检测中，间隔时间段对患者进行两次核酸检验，检验结果均为阳性即可做出判断，减少二次传播。
2、在检验结果不明确的特殊情况下，早期的抗体检测无法检测出明显的抗体反应，无法对患者进行明确诊断，可采用核酸检测中的RNA检测，RNA检测结果可为医生诊断提供准确依据。
3、进行艾滋病治疗的患者须在核酸检测病毒含量的数据分析后才能明确治疗是否有效。
艾滋病核酸检验的最佳时间：
艾滋病的窗口期是2~6周，在高危行为后2~3周可进行抗体检测；核酸检测可缩短现有的艾滋病窗口期，高危行为后一周即可进行核酸检验，早发现早治疗。