便秘是婴儿经常发生的一种情况，这意味着孩子的大便干燥而且排便时间较长，有时排便困难，新生儿便秘由很多原因导致，可以分为两类，一类是功能性便秘，可以在调理后治愈，另一种是先天性肠道畸形引起的便秘，这种便秘是通过一般调理，如果无法治愈，必须通过手术矫正，大多数新生儿便秘都是功能性便秘。
新生儿便秘的原因
1、食物不适合
便秘与食物的种类密切相关，例如，食物中的蛋白质含量太多而且糖不足，因此肠发酵的相对减少影响发酵，使粪便呈碱性，并且干燥导致便秘，食物(如奶粉)含有大量酪蛋白，粪便中含有大量不溶性钙皂，导致粪便增多，易发生便秘。
新生儿便秘的原因
2、长期缺乏饮食
当儿童食物量过少时，消化后，肠内残留物较少，大便减少，牛奶中的糖量不足以使粪便干燥，饮食长时间不足，造成营养不良，腹部肌肉，肠道肌肉较弱，张力不足，蠕动无力，导致顽固性便秘。
3、肠功能问题
由于生活不规律和排便，排便反射形成减弱或未形成，肠道肌肉松弛和便秘，某些药物或疾病可以削弱肠壁肌肉壁和功能障碍，以及交感神经功能可引起便秘。
4、消化道发育畸形
先天性肛门，先天性巨结肠。
5、遗传性代谢疾病
先天性甲状腺功能减退症，先天性愚型。