更昔洛韦的不良反应以白细胞及血小板减少最常见，少见的有贫血，发热，皮疹，肝功能异常，浮肿，感染，乏力，心律失常，高/低血压，思维异常或恶梦，共济失调，昏迷，头昏，头痛，紧张，感觉障碍，精神病，嗜睡，震颤，恶心，呕吐，腹泻，胃肠道出血，腹痛，嗜曙红细胞增多，低血糖，呼吸困难，脱发，瘙痒，荨麻疹，血尿及尿素氮升高等。
此外，有巨细胞病毒感染性视网膜炎的艾滋病患者可出现视网膜剥离，注射处可见感染，疼痛，静脉炎。
需要注意妊娠及哺乳期妇女、对本药或阿昔洛韦过敏者禁用，对儿童的影响12岁以下儿童的临床经验有限，因此儿童应遵医嘱谨慎使用。