疾控中心一般免费检查艾滋病，有些地方的疾控中心免费检查健康证办理所需检查项目，免费检测抽查单位空气质量和水质安全等。
疾控中心免费检查什么由其单位性质决定，也随着机构改革和机构职能完善而改变。有些地方的疾控中心可以免费检查办理健康证所需检查的内科查体、胸透、尿常规、大便常规、血肝功能化验等。但由于办理健康证的人较多，疾控中心的工作人员较少，加之其他原因，健康证办理有向医院、社区卫生服务中心、乡镇卫生院转变的趋势。
而有些地方的疾控中心会配合同级卫生监督局工作，对其随机抽到的单位进行检测，这时疾控中心就免费检查被抽查单位的空气质量、水质安全等，并出具权威的检测报告。
另外，疾控中心还免费检查艾滋病。疾控中心设有艾滋病防治科，负责疑似艾滋病病人的确诊和艾滋病病人的某些药物免费发放和随访。去疾控中心检查艾滋病的程序较为简单，直接登记就可以抽血检查，并且工作人员都是非常负责的，如果结果为阳性，会电话通知并且做流行病学调查，然后发放国家免费药物，督促吃药和检查，并不断更新艾滋病档案。