肠水疗是如今比较新颖的一种治疗便秘等疾病的方法，它也叫大肠水疗，指的是用纯水灌入大肠内，进行大肠的清洗。但是，肠水疗一样有它的副作用，肠水疗的副作用有哪些呢？
一、体内菌群失调
人体的肠道里有着各种各样的细菌群体，基本上都是有着各自功能的对人体有益的细菌，且各司其职。肠水疗的一个很大的特点就是清洗的非常彻底，有害的物质虽然没有了，但同时也把有益的细菌清理掉。导致体内细菌部分缺少，是一部分功能不能执行而导致整个机体的菌群失调。
菌群失调会导致原有的病菌大量伺机繁殖生长，有一些有益细菌在没有其他牵制细菌的情况下，也会变成有害细菌。这时候的肠水疗虽然起到了排毒的作用，但同样造成了其他的病症，这是肠水疗中副作用最为常见的一种，建议不需要做肠水疗的人们就不要做肠水疗了。
二、肠穿孔
肠道里会分泌一些肠黏液，这些黏液可以有效的保护肠壁不受损伤，但是肠水疗后，肠道的黏液被全部清理掉，肠壁失去保护，或者保护力度不够时，这时的肠壁薄，所以肠壁及其容易穿孔。还有在肠水疗中用到的压力，水温等等都会很轻易地损伤肠壁。再者，很多操作肠水疗的人员都不是真正的医护人员，肠水疗是需要以精准的角度，力度将肛管插入肛门，没有这方面知识的人员很容易角度力度控制不好，从而导致出血等等。
三、肠道括约肌失效
粪便的蠕动是需要肠道括约肌的收缩和舒张进行然后排出体外，肠水疗在一定程度上几乎代替了括约肌的效用，使用外力清理粪便，长期使用，导致括约肌失效，这时候，人们就没有了“便意”，这是一个需要重视的问题，这会给生活带来很多的不方便。
肠水疗虽然好处多多，没有依赖性，没有毒性反应，但是它同样会带来很多副作用。肠水疗的副作用有哪些，以上的三点足以概括，建议健康人不要去做肠水疗，如果想要排毒美容等等，食疗才是最好极少没有副作用的方法，外力的任何排毒方法其实都比不上自身机体的合理调养。