早上起来太阳穴疼很可能是风寒刺激等生理性原因引起的，也不排除是流行性感冒、偏头痛等病理性原因造成的，建议积极配合医生治疗。
一、生理性原因
可能天气比较寒冷，室内温度较低，使头部受到寒风刺激，引起局部血管痉挛收缩，出现疼痛情况。
二、病理性原因
1、流行性感冒：是一种急性上呼吸道疾病，会出现身体乏力、头痛、肌肉酸痛等情况，还有可能会伴随鼻塞、打喷嚏、咳嗽等现象。
2、偏头痛：可能是家族遗传引起的，常见的症状有头痛，呈搏动性疼痛，还可能会伴随恶心、呕吐等情况。
除此之外，也有可能是高血压等疾病引起的，建议及时就医治疗。