正常情况下，成年人不具有产生甲胎蛋白的能力。但是当细胞发生癌变时，肿瘤细胞可大量分泌甲胎蛋白。一般癌症恶化程度越严重，患者血清中甲胎蛋白含量越高。但是，即便患者甲胎蛋白水平正常，也不可以彻底排除肝癌的可能性。有将近20%的肝癌患者直至失去生命，体内也没有检测出一定水平的甲胎蛋白。
目前尚未发现任何一种物质，可以对某种癌细胞产生单一的、独特的反应。以目前的医学手段，也无法在检测过程中将所有的被测试物质全部统计出来。而受到被测试物质生理活性限制，多数作为标志物的特征性产物，在测试中阳性率甚至不足70%。也就是说，即便患者患有较为严重的癌症，在取样时也可能由于测试误差，无法显示出强阳性，无法统计出具体的标志物水平。这其中也包括了甲胎蛋白。
肝脏具有较强的代偿能力，对癌症的抵抗能力较强。在肝癌早中期时，癌细胞周围的肝组织压力可被其他部分组织所承担。因此其活性出现一定的降低，导致甲胎蛋白分泌水平没有达到理想的效果是正常的生理现象。
肝癌也分为很多种类型，其中就包含一种隐匿型肝癌。这种肝癌不但不会促使机体分泌甲胎蛋白，甚至连B超也无法检测出它的存在，是人类生命安全的重大隐患。
从统计学上看，有40%左右的肝癌早期患者，甲胎蛋白分泌水平正常。随病情逐渐加重，其中部分患者会逐渐开始分泌甲胎蛋白，但部分患者依然丧失分泌这种糖蛋白的能力。有15%左右的肝癌晚期患者，甲胎蛋白分泌水平正常。因此在肝癌的检测过程中，甲胎蛋白水平只能作为参考，建议患者根据个人情况完善相关检查，必要时介入肝脏核磁共振、肝穿刺检测，可有效确诊肝癌。